Burun yıkayıcılarının dezenfeksiyon ve temizleme yöntemleri arasında temizlik için arıtılmış su veya kaynamış su kullanılması, sterilizasyon ve dezenfeksiyon için fizyolojik salin kullanılması, dezenfeksiyon için alkol kullanılması yer alır.
Temizlik için arıtılmış su veya kaynamış su kullanın: Arıtılmış su, burun yıkamada kalan kiri en aza indirebilecek ve burun yıkamaya herhangi bir zarar vermeyecek şekilde herhangi bir yabancı madde içermez. Evde arıtılmış su yoksa kaynamış musluk suyu da kullanılabilir. Musluk suyunu kaynatın ve temizlemeden önce soğumasını bekleyin. Temizleme işlemi sırasında burun yıkama aparatı sökülebilir ve her bir bileşen temiz suya batırılabilir, yumuşak kıllı bir fırça ile hafifçe fırçalanabilir ve ardından temiz su ile durulanabilir.
Sterilizasyon ve dezenfeksiyon için fizyolojik salin kullanılması: Burnun fizyolojik salinle yıkanması, burun boşluğundaki salgıları temizleyebilir, burun boşluğunu temiz tutabilir ve burun mukozasının enfeksiyonunu önleyebilir. Plastik burun yıkayıcılarında sterilizasyon ve dezenfeksiyon için fizyolojik salin kullanılabilir. Temizleme işlemi sırasında kullanılan miktara dikkat etmek ve aşırı kullanımdan kaçınmak burun mukozasının tahrişini önlemek açısından önemlidir.
Alkolle dezenfeksiyon: Burun yıkama parçalarını sökün, akan suyla durulayın ve dezenfeksiyon için %75'lik alkol solüsyonuna batırın. 30 dakika sonra parçaları alkolden çıkarın, süzün ve kullanmadan önce alkolün tamamen buharlaşmasını bekleyin. Ancak alkolün burun mukozasını tahriş edebileceğinden tamamen buharlaşmadan alkol kullanılması tavsiye edilmediğini belirtmek gerekir.